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 原著第2版ゲノム疫学の発想と実用化

ゲノム疫学の発想と実用化 原著第2版

B5判 488ページ 並製
定価:8,500円+税
ISBN978-4-486-01948-0 C3047
奥付の初版発行年月:2013年05月 / 発売日:2013年05月下旬
発行:東海大学出版会  
発売:東海大学出版会
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内容紹介

約50年にわたる遺伝学の成果がまとめられた「A Statical Approach to Genetic Epidemiology(second edition)」の翻訳書。一般に流布している分子遺伝学の技法についての内容とは異なり、最近発達してきた遺伝疫学で用いられる統計的考えの解説に重点が置かれている。 


目次

初版のまえがき
第二版のまえがき
はじめに
謝辞

第1章 分子遺伝学
1.1遺伝情報の本質は何か?
1.1.1 遺伝情報はどこにあるのか?
 1.1.2 遺伝情報とは?
 1.1.3 遺伝情報は如何に翻訳されるのか?
1.2 遺伝情報はどのように世代間で継承されていくのか?
1.3 遺伝情報の個人差とはなにか?
 1.3.1 個体の遺伝情報はどう違うのか?
 1.3.2 個人差をどのようにして検出するのか?
 1.3.3 個人差を見つける確からしさとは?
1.4 問題

第2章 形式遺伝学
2.1 メンデルの法則とはなにか?
2.2 ハプロタイプは家族でどう伝わるのか?
 2.2.1 常染色体優性遺伝とは?
 2.2.2 常染色体劣性遺伝とは?
 2.2.3 X染色体優性遺伝とは?
 2.2.4 X染色体劣性遺伝とは?
 2.2.5 Y染色体遺伝とは?
2.3 一般の遺伝様式でどんな複雑なことがあるのか?
 2.3.1 浸透率関数とは?
 2.3.2 年齢依存浸透率の役割とは?
 2.3.3 親の影響とは?
 2.3.4 異質性の他の原因は?
 2.3.5 単純疾患と複合疾患の違いとは?
2.4 HardyとWeinbergが見つけた法則とはなにか?
2.5 問題

第3章 遺伝マーカー
3.1 遺伝マーカーとは?
3.2 どんなタイプの遺伝マーカーがあるのか?
 3.2.1 短い直列反復とは?
 3.2.2 単一塩基多型とは?
3.3 単一塩基多型の遺伝子型タイピング法とは?
 3.3.1 制限酵素断片長多型解析とは?
 3.3.2 量的リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応による遺伝子型タイピングの原理とは?
 3.3.3 マトリックス支援レーザー脱離 / イオン化飛行時間技法とは?
 3.3.4 チップによる遺伝子型タイピング法とは?
 3.3.5 どの遺伝子型タイピング法を用いるか?
3.4 問題

第4章 データの品質
4.1 家系の誤りをどのようにして見つけるのか?
4.2 家系調査データでの遺伝子型タイピングの誤りをどのようにして見つけるのか?
 4.2.1 遺伝子型タイピングの誤りの頻度とは?
 4.2.2 遺伝子型タイピングの誤りの理由とは?
 4.2.3 メンデルチェックでどのように遺伝子型タイピングの誤りを検出できるのか?
 4.2.4 二重組換え型とはなにか、それはどのようにして検出するのか?
4.3 集団調査で遺伝子型タイピングの誤りはどう点検するのか?
 4.3.1 Hardy-Weinberg 平衡からのずれの原因とは?
 4.3.2 単一塩基多型についてHardy-Weinberg平衡からのずれをどのように検定するのか?
 4.3.3 短い直列反復マーカーでHardy-Weinberg平衡からのずれをどう検定するのか?
 4.3.4 単一塩基多型を調べてHardy-Weinberg平衡のずれをどう検定するのか?
 4.3.5 単一塩基多型がHardy-Weinberg平衡に合うかどうかの検定をどうするのか?
4.4 ハイスループット遺伝子型タイピング調査で遺伝子型タイピングの誤りをどう見つけるのか?
 4.4.1 ハイスループット遺伝子型タイピングで標本をどう調べるか?
 4.4.2 ハイスループット遺伝子型タイピング調査でどう単一塩基多型を検査するのか?
4.5 ハイスループット遺伝子型タイピングでクラスタープロットをどう調べるべきなのか? クラスターの品質についてできる調査は?
4.5.1 クラスターの密集性を測る尺度は?
 4.5.2 クラスターの連結性を測る尺度は?
 4.5.3 クラスターの分離を測る尺度は?
 4.5.4 摂動分析による遺伝子型の安全性をどう調べるのか?
 4.5.5 遺伝子型の確実性を適切に結合した尺度は?
4.6 問題

第5章 遺伝マップ距離
5.1 物理距離とは?
5.2 マップ距離とは?
 5.2.1 距離とは?
 5.2.2 Haldaneマップ関数とは? 他にも重要なマップ関数があるか?
 5.2.3 物理距離とマップ距離との対応があるか?
 5.2.4 多座位可能性とは?
5.3 連鎖不平衡単位とは?
5.4 問題

第6章 家族性、遺伝率、分離比分析
6.1 家族歴法と家族調査法の相違とは?
6.2 関心のある表現型は家族性? 再発リスク比とは?
 6.2.1 関心のある表現型には家族性素因があるのか?
 6.2.2 再発リスク比とは?
6.3 遺伝率とは?
 6.3.1 ある形質座位でのFalconerモデルによる分散解析とは?
 6.3.2 一般化したFalconerモデルとは?
 6.3.3 血縁者対間の共分散は? 親縁係数とJacquardの△7係数とは?
6.4 ふたご調査とは? 養子調査とは?
 6.4.1 ふたご調査とは?
 6.4.2 養子調査とは?
6.5 家族類似性を調べるときに重要な点とは?
6.6 主要遺伝子効果の証拠をどのようにして確立する? メンデル性遺伝に従う分離パターンをどう決めるのか?
6.7 問題

第7章 モデルによる連鎖分析
7.1 二つの遺伝マーカー間の組換え率をどう推定するのか?
 7.1.1 相のわかる家系で組換え率はどう推定するのか?
 7.1.2 相のかわらない家系から組換え率はどう推定するのか?
 7.1.3 一部の個体の遺伝子型がわからない家系で組換え率はどのようにして推定するのか?
7.2 遺伝マーカーと疾患との間の組換え率をどのように推定するのか?
 7.2.1 相がわかっているとき遺伝マーカーと疾患の組換え率をどう推定するのか?
 7.2.2 一般的な場合の連鎖分析はどう実行するのか?
 7.2.3 ある家系にさらに遺伝子型の判定された個体が加わったときどの程度の利点があるのか? 検定力はどう計算するのか?
7.3 連鎖の有意な証拠とは?
7.4 問題

第8章 モデルによらない連鎖分析:二分形質
8.1 モデルによらない連鎖分析の基本的な考えとは?
8.2 罹患同胞対法はなぜ合理的なのか?
8.3罹患同胞対分析でよく使う検定法とは?
 8.3.1 最大LOD値検定と三角検定とは?
 8.3.2 通常のスコア検定とWald型の自由度1検定とは?
 8.3.3 同位的対立遺伝子を用いた患者同胞対検定の現状はどうなのか?
8.4 最適な罹患同胞対検定はあるのか? 罹患同胞対検定はモデルによる連鎖検定と関係があるのか?
8.5 罹患同胞対法の標本の大きさ、検定力をどう計算するのか?
 8.5.1 座位特異的再発リスク比と同祖確率との関係は?
 8.5.2 再発リスク比を用いて平均値検定の標本の大きさと検定力をどう計算するのか?
8.6 モデルフリーの方法を複数マーカー座位へどう拡張するのか?
8.7 大きな同胞の標準的な分析方法とは?
8.8罹患同胞対法を任意の一側性血縁関係へどのように拡張するのか?
8.9 二分形質をモデルによらない方法で拡張できるのか?
 8.9.1 同胞対分析で共変数をどう扱うのか?
 8.9.2 複数の疾患座位を同胞対分析でどのように扱うのか?
 8.9.3 同胞分析で組換え率を推定することができるのか?
 8.9.4 同胞対分析で非罹患者の遺伝子型を判定する必要があるのか?
8.10 問題

第9章 量的形質のモデルによらない連鎖分析
9.1 量的形質の長所と短所とは?
9.2 HASEMAN-FLSTON法とは?
 9.2.1 Haseman-Elston法を用いた単純な遺伝モデルとは?
 9.2.2 マーカー座位での表現型差の2乗の期待値とは?
9.3 HASEMAN-ELSTON法の拡張の例は?
9.3.1 Haseman-Elston法を形質差の4乗値へ拡張するにはどうするのか?
 9.3.2 Haseman-Elston法を大きな同胞群に拡張するには?
 9.3.3 Haseman-Elston改定版と新Haseman-Elston法とは?
 9.3.4 Haseman-Elston法の検定力と標本の大きさをどう計算するのか?
9.4 連鎖分析の分散成分モデルとは?
 9.4.1 簡単な1変量分散成分モデルはあるのか?
 9.4.2 分散成分モデルについて単純Falconerモデルの拡張とは、また多変量分散成分分析をどう実行するのか?
9.5 連鎖分析で同胞対をどのように確認するべきなのか?
9.6 p値を経験的にどう決めるか?
9.7 問題

第10章 関連分析の基本的な考え
10.1 遺伝関連とは
 10.1.1 遺伝関連の原理とは?
 10.1.2 どのような調査計画が遺伝関連分析で用いられるのか?
10.2 連鎖不平衡とは?
 10.2.1 連鎖不平衡をどう測るのか?
 10.2.2 遺伝子型連鎖不平衡はどのようにして測るのか?
 10.2.3 連鎖不平衡の範囲はどの位まで及ぶのか?
10.3 問題

第11章 非血縁者を用いる関連分析
11.1 症例と対照はどのように集めなければならないのか?
11.2遺伝関連はどのように検定するのか?
 11.2.1 通常の関連検定とは?
 11.2.2 どの関連検定を実際に使用するのか?
 11.2.3 遺伝効果をどう測るのか?
 11.2.4 遺伝モデルはどのようにして選ぶのか?
 11.2.5 X染色体での関連はどう検定するのか?
11.3 関連検定に必要な標本の大きさはどのくらいか?
11.4 集団構造とはなにか、そしてそれで何ができるのか?
 11.4.1 集団構造をどう検定するのか?
 11.4.2 構造化関連のアプローチとは?
 11.4.3 ゲノムコントロールの考えとは?
 11.4.4 ゲノムコントロールと構造による関連をどう比べるのか?
 11.4.5 集団の構造を調整するには主成分分析をどう使うのか?
11.5 相互作用とは?
 11.5.1 ヒトの遺伝子―遺伝子相互作用と遺伝子―環境相互作用の古典的な例は?
 11.5.2 ラブラドールレトリバー(猟犬)の皮色を決める遺伝子の相互作用とは?
 11.5.3 通常使われる相互作用の考えは? エピスタシスとは?
 11.5.4 遺伝子―環境相互作用をどのように統計的に検定するのか?
 11.5.5 遺伝子―遺伝子相互作用の統計的検定はどう実行するのか?
 11.5.6 多因子次元の縮小とは?
11.6 問題

第12章 家族を用いた関連分析
12.1 ハプロタイプ相対リスク法とは?
12.2 伝達不平衡検定とは?
12.3 家族データからリスクをどう推定するのか?
12.4 トリオデータの標本の大きさと検定力の計算は?
12.5 伝達不平衡検定のための他の統計量は?
12.6 マーカーに3つ以上の対立遺伝子があるときTDTはどう分析するのか?
 12.6.1 単一対立遺伝子の検定
 12.6.2 大域的検定統計量
12.7 家族構成が互いに異なるときはどう分析するのか?
 12.7.1 親の遺伝子型が欠けている家族をどう分析するのか?
 12.7.2 同胞のデータからの伝達不平衡をどう分析するのか?
 12.7.3 拡張された家系をどう分析するのか
12.8 家族の量的形質での関連をどう分析するのか?
12.9 問題

第13章 関連分析でのハプロタイプ
13.1 ハプロタイプに何故関心があるのか?
13.2 ハプロタイプをどう推定するのか?
 13.2.1 どのアルゴリズムでハプロタイプとハプロタイプ頻度を個体へ割り当てるのか?
 13.2.2 どのアルゴリズムで集団のハプロタイプ確率を推定するのか?
13.3 ハプロタイプを用いて関連の検定をどうするのか?
13.4 調査用のマーカーの選抜でハプロタイプと連鎖不平衡をどう扱うのか?
13.4.1 ハプロタイプあるいは連鎖不平衡をマーカー選抜にどう利用できるのか?
 13.4.2 ハプロタイプあるいは連鎖不平衡によるマーカーの選抜はどのくらい良いのか?
13.5 問題

第14章 ゲノムワイド関連調査(GWA)
14.1 計画にどんな選択があるのか?
14.2 未判定データの補完(推定)はできるのか?
 14.2.1 補完についての共通アルゴリズムとは?
 14.2.2 未判定の遺伝子型の補完はどの程度よいのか?
14.3 データを統計的にどう評価するのか?
14.4 多重検定の問題をどう扱うのか?
 14.4.1 領域ワイドのp値をどうシミュレーションするのか?
 14.4.2 ゲノムワイドレベルでのp値をどうシミュレーションするのか?
 14.4.3 検定の有効数を用いて多重検定をどう補正するのか?
14.5 ゲノムワイド関連調査からの蓄積データをどう利用するのか?
 14.5.1 実際に用いる多段階計画とは?
 14.5.2 ゲノムワイド調査の結果をどう複製するのか?
 14.5.3 GWA調査のメタ分析はどう処理するのか?
14.6 GWA調査結果の臨床への大きな影響とは?
 14.6.1 遺伝予測テストをどう評価するのか?
 14.6.2 単一遺伝マーカーによるテストの臨床的妥当性をどう評価するのか?
 14.6.3 複数の遺伝マーカーによるテストの臨床的妥当性をどう評価するのか?
14.7 ゲノムワイド関連調査から何が結論できるのか? そして次に何があるのか?
14.8 問題

付録 連鎖分析で用いるあるアルゴリズム
A.1 ELSTON-STEWART アルゴリズムとは?
 A.1.1 Elston-Stewartアルゴリズムの基本的な考えとは?
 A.1.2 単一連鎖マーカーをElston-Stewartアルゴリズムにどう取り込むのか?
A.2 LANDER-GREENアルゴリズムとは?
 A.2.1 遺伝性分布を単一遺伝マーカーでどう推定するのか?
 A.2.2 すべての遺伝マーカーが与えられたとき任意の染色体位置で継承分布をどのようにして推定するのか?
A.3 CARDON-FULKERアルゴリズムの基本的考えとは?
A.4 問題

解答
あとがき
References
索引詳細


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